很多债券型基金设有 A类、B 类、C 类等细分的份额类别，各基金公司对于这些份额类别均分别设置代码，分别计算和公告净值、累计净值。实际上，债基“份额分级”，核心是基于收费方式的差别，基金日常投资运作仍按照“一只基金”来操作。
目前，A 类收费结构是最常见的一种收费模式，基金公司除了收取管理费、托管费以外还一次性收取申购费和赎回费。B 类或C 类就不再单独收申赎费用，而是按固定年费率从基金资产中扣除相应的销售服务费，与货币市场基金相同。
同时，不同级别的基金合并运作，由于受申购赎回的资金量以及每日计提销售服务费的影响，两种级别的基金实际运作的有效资金不同，这会导致单位份额的净值回报率存在差异，但差距不大。从目前来看，收取销售服务费的B 类或C 类的债基长期收益略低于A 类基金，但考虑A类还需要扣除相关的申购和赎回费，抵消了一部分净值回报率，其实际回报率不一定超过B 或C类，如果选择A类的收费模式，至少需要持有两年，其实际回报率才会高于买B 类份额。
所以，对于资金量较小且投资期限小于2 年的投资者，B 类收费模式无疑是更好的选择，可以避免进出成本，提高投资回报率；对于资金量大、持有时间较长的投资者，采取A 类收费模式更适合。
此外，挑选债券型基金还要细选费率。以华安强债基金为例，投资者购买B类份额持有时间超过60天后，赎回费即为0，进出免费，成本低廉；若持有时间小于30天，则仅仅收取0.3% 的赎回费。市场上同类型强债基金，费率设置各有差异，有持有期小于30天收取0.5%赎回费的，也有持有期超过90天后才可免去赎回费的。
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