很多债券型基金设有A类、B类、C类等细分的份额类别，各基金公司对于这些细分的份额类别均分别设置代码，分别计算和公告净值、累计净值。实际上，债券型基金的"份额分级"，核心是基于收费方式的差别，基金日常投资运作仍按照"一只基金"来操作。
目前，A类收费结构是最常见的一种收费模式，基金公司除了收取管理费、托管费以外还一次性收取申购费和赎回费。B类或C类就不再单独收取基金的申购费和赎回费，而是按照固定的年费率从基金资产中扣除相应的销售服务费，与货币市场基金相同。以华安强化收益债券基金为例，A类收取申购费和赎回费，B类则计提销售服务费，而不缴纳申购、赎回费。同时，不同级别的基金合并运作，由于受申购赎回的资金量以及每日计提销售服务费的影响，两种级别的基金实际运作的有效资金不同，这会导致单位份额的净值回报率存在差异，但差距不大。从目前分级别的债券基金来看，收取销售服务费的B类或C类的债券型基金长期的收益略低于A类基金，但这并不代表选择A类的实际投资回报率超过B类或C类。
所以，对于资金量较小且投资期限小于2年的投资者，B类收费模式无疑是更好的选择，可以避免进出资金的成本，提高投资回报率；对于资金量大、持有时间较长的投资者，采取A类收费模式则更为适合。
此外，挑选债券型基金还要细选费率。以华安强化收益债券型基金为例，投资者购买B类份额持有时间超过60天后，赎回费即为0，进出免费，成本低廉；若持有时间小于30天，则仅仅收取0.3%的赎回费。
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