2003年可视为中国债券市场发展的一个分水岭。在此之后，中国债券市场开始摆脱早期结构单一、波动性大的诸多缺点，建立了稳定的银行间债券市场和交易所债券市场。在这两大市场之内，各种信用产品的不断创新，也将更多的发行人和投资人纳入其中。根据国际清算银行的数据，过去5年，我国债券市场规模增量占全球增量的30％，市场年均增速达67％，是世界平均水平的9倍多。目前，我国债券市场已发展成世界第五、亚洲第二大债券市场。
在此阶段，不仅货币市场利率市场化加速推进，债券市场信用产品也层出不穷。从政策层面看，中国政府在此期间出台了一系列政策，支持债券市场发展。2004年，国务院发布了《关于推进资本市场改革开放和稳定发展的若干意见》，明确提出了要积极稳妥地发展债券市场，鼓励符合条件的企业通过发行债券筹集资金。
在政策鼓励和实体经济强劲需求的推动之下，债券市场的市场体系开始逐渐丰满。截至目前，国内债券市场已经形成了以银行间场外交易市场为主，场内交易为辅的市场交易体系。而经过10年时间发展，市场的发行主体也从政府和大型国企逐渐拓展到中小企业和各类机构。
从2003年起，银行间债券市场和交易所债券市场陆续推出了短期融资券、中期票据、无担保企业债、分离交易可转债、公司债等品种，市场规模从小到大，发展迅猛。央行数据显示，2011年国内公司信用类债券总共发行2.2万亿元，其中在银行间市场发行的短期融资券、超短期融资券、中期票据、中小企业集合票据、非公开定向融资工具等共计1.84万亿元，占比达83.6％。
作为直接融资体系的重要组成部分，债券市场的蓬勃发展改变了中国以往高度依赖银行间接融资的局面。央行统计数据显示，2012年上半年，除人民币贷款外的其他方式合计融资2.92万亿元，是2002年同期的146.7倍；占社会融资规模的37.6％，比2002年同期提高35.3个百分点。其中，直接融资9739亿元，是2002年同期的25.1倍。
十年来，中国债券市场进步非凡，然而未来的挑战依然巨大。
央行行长周小川曾指出，中国债券市场面临的主要问题包括避险工具不足、市场基层组织不完善、金融衍生品市场仍然滞后、市场价格不能真实反映市场供求关系、收益率体现有待于进一步体现、同质化现象比较突出、制约市场发展的法律政策和会计税收配套制度有待解决，等等。他认为，与成熟金融市场相比，发展不足仍是中国债券市场面临的最大问题。
除此之外，国内债券市场向中小企业开放程度不足亦成为发展的一大瓶颈。数据显示，目前我国中小企业债券融资占其全部外源融资的比重还不到10％，远低于日美等国30％～50％水平的现实情况。全国政协委员、招商银行 （600036 股吧,行情,资讯,主力买卖）行长马蔚华建议，政府有关部门应进一步加大对创新型成长性小企业发行集合债券、集合票据的支持力度，鼓励商业银行积极参与创新型成长性小企业直接融资活动。
另外，考虑到债券市场深度与央行宏观调控政策灵活性之间的天然联系，如何丰富债券市场的交易品种，进一步发掘市场深度也成为业界关注重点。上交所副总经理刘世安在今年陆家嘴 （600663 股吧,行情,资讯,主力买卖）论坛上提出，未来要大力发展信用债券市场，要将政府信用为主逐步转变为民间信用为主，大力发展公司债券、企业债券，特别是中小企业债券。只有这样，债券市场的市场化才可以真正启动，多品种的债券结构也才能最终建立。
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